Qusar rayonu Böyük Qafqaz dağların ın ətəklərində, Qusar maili düzənliyind ə yerləşir. Azərbaycanın ən hündür nöqtələri olan Bazardüzü (4466 m) və Şahdağ (4242 m) zirvələri, eləcə də məşhur Şahnabad yaylağı Qusar rayonunun ərazisindədir. Samur-Abşeron kanalı, Qusarçay , Samur çayı, eləcə də Rusiyaya gedən başlıca avtomobil magistralı rayonun ərazisindən keçir. Rayonun şimal inzibati sərhəddi Samur çayından, şimal-qərb, qərb və cənub- qərb inzibati sərhədləri Böyük Qafqaz silsilələrindən, cənub inzibati sərhədləri isə Qusarçay vadisindən keçir. Şərq tərəfdən inzibati sərdəhlər Qusar maili düzənliyi ilə Şollar düzün ün kəsişdiyi əraziyə qədər uzanır.
